Balthasar Baumgartner wuchs im Landkreis Rosenheim/Oberbayern auf und hat seine musikalischen Wurzeln in der bayerischen Volksmusik. Nach erstem Klavier- und Orgelunterricht in Rosenheim war er noch während seiner Schulzeit Jungstudent im Fach Orgel bei Elisabeth Ullmann an der Universität „Mozarteum“ in Salzburg. Nach seinem Abitur studierte er die Fächer kath. Kirchenmusik und Orgel an der Hochschule für Musik und Theater München (Orgel bei Harald Feller, Improvisation bei Wolfgang Hörlin, Chorleitung bei Michael Gläser). Seine Studien dort schloss er mit dem A-Examen in Kirchenmusik (2009) und dem Meisterklassendiplom in Orgel (2010) ab.

Auszeichnungen erhielt er beim Deutschen Musikwettbewerb in Bonn, dem August-Everding-Musikwettbewerb in München und dem Canadian International Organ Competition in Montréal. 2010 gewann er den 1. Preis sowie den Sonderpreis für Neue Musik beim Internationalen Mainzer Orgelwettbewerb.

Von 2009 bis 2011 war er musikalischer Assistent bei der Kölner Dommusik. Im Anschluss daran führte ihn sein Weg ins Bistum Osnabrück, wo er von 2011 bis 2018 als Regionalkantor mit Sitz an der Propsteikirche St. Vitus in Meppen (Dekanat Emsland-Mitte) wirkte. Dort leitete er die Chöre an der Propsteikirche, den Städt. Musikverein Meppen und gründete – gemeinsam mit seiner Kollegin Frauke Schwind – den Kammerchor Emsland.

Als Geschäftsführer des Kirchenmusikseminars Meppen leitete er die C-Ausbildung im Emsland und wechselte 2018 auf die Regionalkantorenstelle an St. Bonifatius in Lingen (Dekanat Emsland-Süd).

Seit Februar 2021 arbeitet er als Domorganist am Dom St. Petrus in Osnabrück und weiterhin in der kirchenmusikalischen Aus- und Weiterbildung des Bistums.

Als Organist beschäftigt er sich mit allen Epochen der Orgelliteratur und widmete sich in der Vergangenheit einigen besonderen Konzertprojekten. So gelangten 2017 im Rahmen des Projektes „Bach in Meppen“ sämtliche Orgelwerke J.S. Bachs zur Aufführung. 2020 spielte er zum 150. Geburtstag Louis Viernes dessen 6 Orgelsymphonien in Lingen.